Так как станки на магнитном креплении предназначены для сверления толстых материалов, то возникает проблема перегрева оснастки в процессе работы. В данном оборудовании организована серьезная система подачи охлаждающей жидкости, которая работает автоматически, в зависимости от оборотов шпинделя. Подача воды производится из специальной емкости с помощью трубки и встроенного насоса.
Для предотвращения выхода из строя станка и повреждений оператора все современные образцы сверлильных установок оснащены предохранительными модулями. В основном в качестве предохранителя используют муфты проскальзывающего типа, монтируемые на редукторе станка. Когда оснастка: сверло или фреза, в процессе работы заклинивает в материале обрабатываемой конструкции, привод и шпиндель с оснасткой размыкаются, вращение прекращается.